かなり初心者な質問だと思いますが、返答していただけたら幸いです。

現在、音楽ファイル(wavファイル)をFFTし、バンドパスフィルタをかけ、IFFTするという作業をしているのですが、
音楽ファイルのデータを配列に入れるとき、ステレオデータだと右左右左(逆？)…と格納されますよね？
そこで左のデータと右のデータを別の配列に格納して、片方のデータだけを使用しているのですが、問題はないでしょうか？
目的としては音楽特徴量の抽出です。

またフィルタをかける際ですが、
勉強不足でフィルタをかけるタイミングがわかりません↓
配列に格納したデータをFFTした後フィルタをかけIFFTするのか、生のデータにかけるのか…
ちなみにFIRフィルタをかけるつもりですが、係数の計算方法がわからないので、
http://momiji.i.ishikawa-nct.ac.jp/dfdesign/fir/mado.shtml
のサイトで得られる係数を利用したいと思っています。

そもそも考え方が間違っているかもしれません。
よろしければご鞭撻のほどよろしくお願いします。