過去ログ読みました。勉強になります。
>>651については>>654さんのおっしゃるとおりだと思います。
現在は、

フェーズの増加
phase+=( freq*(PI*2/sampleRate) );

値を返す
val=(phase<PI/8)? 1.0:-1.0;

こんな感じで補正が全くありません。
phaseにLPFをあてて倍音をカットすればいいのでしょうか？
無知ですいません。。