こういう事だろ？　たとえばＦＦＴのサイズを4096としたら
1024毎に分けて、１ブロック毎に、　２ブロックを取ってくる。
それに窓関数をかけるけど、このときに (1-cos)/2 みたいな　１ブロック分ズレたものと加算するとフラットになるような窓関数を使う。
で、これにＦＦＴをかけてフィルタをかけて、逆ＦＦＴして、１ブロック前の分と加算して出力してゆく。

問題は、フィルタをかけて戻した結果が、はじめと終わりがキチンと0になって戻ってればいいけど
そうじゃないとこれがノイズになる。
だから再度窓関数をかけられるように　最初にかける 窓関数を　√(1-cos)/2　つまり半角公式でsinになるわけだけど
これを２度かけると確かに戻るけど、窓関数としての性能がだいぶ悪くなる