そもそも、JavaDocはなぜ今の形なんでしょう?
C#はJavaDocの改良でxmlをコメント内に書くことになった感じ?
プリプロセッサに統合ということはプリプロセッサが関数やらclassを認識するのでしょうか?
それともプリプロセッサの変換結果、別なSINCL構文になるのでしょうか?
SINCLの関数説明用コメント構文とASTがどうなるのかを考えたほうがよさそう?
たとえばXMLとSINCLをE4Xのように統合されていてドキュメントも自然に書けたりするとか。

@doc <function>
 <summary>メイン関数</summery>
 <author>Hoge</author>
 <return>0:正常終了 1:異常終了</return>
</function>
int main() {
XML xml=<b>hello world</b>;
 printf("%XML doc %XML\n", xml, this.doc);
}

あと、ドキュメント生成は自由にカスタマイズできて
<sincle file="hello.c">
 <function type="int" name="main">
  <author>hoge</author>
  <summary>メイン関数</summary>
  <return>0:正常終了 1:異常終了</return>
 </function>
</sincle>
とかいうxmlで取得できるといいかも。