stdafx.hはプリコンパイルヘッダーのためにあるんだから
共通のものを読まないと意味が無いんだよ。
stdafx.hの中で差があるものを別のヘッダかソースに入れてしまえば。
もしくはプリコンパイルヘッダーの使用をやめてstdafx.hのインクルード自体やめるとか