IplImageのヘッダoriginが上下を持っていませんか？
画像の各ピクセルにアクセスするには？@リファレンス
http://opencv.jp/opencv/document/faq.html

OpenCVプログラミングブックのサンプルコードでは
IplImageをコピーするときにoriginパラメータを見てcvFlip()かcvCopy()を選ぶ処理をしています。