"共通言語ランタイム　サポート(/clr)"による処理時間への影響が起こるのはなぜでしょうか。

画像の雑音除去にラべリング処理を行っていたのですが、
cvGetReal2DやcvSet2D関数による画像の配列へのアクセスの処理時間が
かなり掛かっていたようでした。
その時、この処理時間の問題とは別の理由があって
VisualStudio2005の
プロジェクトのプロパティ→構成プロパティ→全般→共通言語ランタイム　サポートを
"共通言語ランタイム　サポートを使用しない" から、
"共通言語ランタイム　サポート(/clr)"に
変更した所、処理時間も速くなってしまいました。
偶然解決してしまったのですが疑問が残ったので質問させていただきます。