>>182
問題の切り分けは出来てる？

まずOpenCV抜きで、ウィンドウを表示するだけのプログラム書いてみたらどうかな。
少なくともこちらの環境では、WS_POPUPでタイトルバー無しのウィンドウは作れてるよ。
うまくいかない
→GetWindowLongでウィンドウスタイルの確認をしてみると良い。
うまくいく
→cvNamedWindowに導入する際の問題だけど、間違えそうなところは見当たらない。

ちなみに前者の話はスレ違いなので、こっちでは続けないほうが良い。

ライブラリに変更加えたのにビルドしてないとかだったら氏ね。