誤解を招きましたが正規表現の問題じゃなかったです。すみません。

調べかたがよく分かんないですが、perlの場合ディスクキャッシュが使えてて、
CLだと使えてないような気もしてきました。
プロファイルとっても大量に呼ばれる read-line そのものが時間食ってる感じです。