Officeショートカットバーなんて表示させたことないから
どんな挙動なのかわからんが、
常に前面表示のウィンドウが2つあればお互い競合しあって
うまくいかない可能性はある。

なにをしたいか分からないが、あとは個別に該当ウィンドウを非表示にして回るとか。
普通の実行ファイルでなくて、スクリーンセーバにしてみるとか。