>>351
止まってしまう、というのは異常終了するということ？ フリーズするということ？
あと、エラーも出ずに、というけど、標準エラー出力はgetErrorStreamから取らないと。
まあ、標準出力と標準エラー出力のどちらに出すかはプログラム次第なんだけど。
エラーを出す前に固まったら関係ないしね。
プロセスが使用する作業ディレクトリとか環境変数とかは、
ProcessBuilderでstartする前に、ProcessBuilderのメソッドで設定することができるので、
バッチファイル単体で実行した時と同じような環境を整えてやってみて。