説明が不足していました。
> コマンドラインから単体で実行した時
これは、Lhacaでの解凍を組み込んだバッチファイルでの実行の事です。
具体的に、以下のようなコマンドを発行しています。
lhaca "C:\Program Files\eclipse\workspace\aaa\bbb\ccc.lzh"

バッチファイルの実行では、自分が指定したディレクトリに解凍されたファイルが想定通り出力されます。

よろしくお願いします。