>>191
Windowsのシステムに関わる話なので当然Windows専用になってしまうが、
cmdの内部コマンドのassocとftypeをJavaから呼び出してやればいいのでは？
たとえば.txtなら、
assoc .txtで.txt=hogehogeが得られたら、
ftype hogehogeでhogehoge=関連付けアプリケーションのパスとか引数の与え方、になる。