質問の内容が具体的でなかったようで、申し訳ありません。
安全な入力を実現するにはどうすればいいかを考えており、
検証するためにテストプログラムを作っています。

http://www.uploda.net/cgi/uploader4/index.php?file_id=0000013415.c

このプログラムで、改行で読み終える場合はバッファオーバーフローの
危険を回避することが出来たのですが、EOFで入力を終了した場合の
対応策を考えられなかったので、このような質問をしました。