混乱させてしまって申し訳ないです。
グローバルフックのコールバック関数で以下のようにしてて、
AとBのウィンドウがあって、Bのウィンドウがアクティブな時にAのウィンドウをアクティブにすれば
BのWA_INACTIVEとAのWA_CLICKACTIVEがほぼ同時に飛んでくるんではないでしょうか？
この場合nCountの値はどうなるんでしょう？

int nCount=0;
case WM_ACTIVATE:
　switch (lp->wParam)
　{
　case WA_ACTIVE:
　case WA_CLICKACTIVE:
　　nCount--;
　　break;
　case WA_INACTIVE:
　　nCount++;
　　break;
　}

>>382は文法めちゃくちゃでした。