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configure のスクリプト自体が Windows 上の場合にライブラリ名を判別しないように作成されている。
aclocal.m4 先頭の WINE_CHECK_SONAME 参照。
cygcheck 使って依存 DLL を引っ張ってくれば設定できるかもしれない。

で、単なる興味本位だが、Linux 板の Wine スレでも見たんだけどさぁ、なんで Cygwin 上で Wine を使いたいの？