>>644
パッシブな調査方法でいいのなら、
ログのリファラをチェックするのが一番確実だと思います。
それだと、相互リンク自体が有効かどうかチェックできるし
ネットワークトラフィックを発生させる事もありません。

１．相互リンクをお願いする
２．相手にリンク作ったら1回踏んで動いていることをチェックしてもらう
３．毎月（自分の納得する頻度で）ログをチェックする
４．相互リンクを結んでいる相手のリファラを持つアクセスが無い相手のみ目でチェック

これでOK.
1000件以上も単なるリンクチェックだけに回るのは
極めて非常にとても無駄です。