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改めて考えてみたら、glMultMatrixを使うのは無駄多いかも。
要するにz軸(0,0,1)を任意の方向(x,y,z)に向けられればいいわけだから・・・
　　Vz=(0,0,1)→V=(x,y,z)
回転軸Vr(rx,ry,rz)は
　　Vr = Vz x V (外積)
回転角度aは
　　a = arccos(Vz･V) (･は内積、Vは単位ベクトルとする)
このVrとaが、そのままglRotateの引数に使える、の、かな。

Vz = (0,0,1)を入れて具体的に計算すると、
　　Vr = (-y, x, 0)
　　a = arccos(z)
これを、速度ベクトル一個ずつに対応して保存しておけば、
描画するときにglRotate(a, Vr.x, Vr.y, Vr.z)でいけるはず。
ただしGLの角度表現はradじゃなく度なので注意。
あとV(x,y,z)がz軸に平行なときは計算が別になるけど、ま、それは分かるでしょ。