勘違いしてるみたいだけど、
MaskedTextBoxとTextBoxとでSelectAllの挙動に違いは見られない。

>FormがActiveになるとGot Focusイベント
ってのは単にMaskedTextBoxがActiveControlなだけのはなしでしょ。
それがいやなら適切なタイミングで
Form.ActiveControlを他のコントロールに設定すればいい。


private void maskedTextBox1_Enter( object sender, EventArgs e )
{
    this.maskedTextBox1.Focus();
    this.maskedTextBox1.SelectAll();
}

ってすればいいだけじゃね
EnterじゃなくてGotFocusでもいい