>バイナリファイルとテキストファイルの違いはわかる？
それはわかります。

>ファイル関係のAPI
マルチメディア系ですが、mmioなどは見ました。

マルチメディア系はRIFFファイル、チャンクで囲った所にデータ入れたり、
アーカイブ化もただ後ろにファイルくっ付けて一つのファイルにしたりと、
色々な雛形があるのは解りましたが、広いというか、まだ断片的な理解故なのか
ファイルに対し、謎の気持ち悪さを感じています。

上に限らず、ファイル関連に対して
なぜそうなのか、そうするのかが見えてこなくて、オーバーフローです。
本を読んでもC/C++書籍だと簡単なファイルの読み書き、
WIN32系の本でもAPIの読み書き命令のみ記述。頭が例外処理です。