リファレンスというか、値を格納する番地を確保する時間の差じゃないかな？
sub op1 { my @one = 0 .. 10_000 ; my @two = 0 .. 10_000 ; }
sub op2 { my @one = 0 .. 10_000 ; @one = 0 .. 10_000 ; }
op2のほうの@oneの書き換え時には、既に値を格納する10000個の番地が出来てるから早くなる。
op1のほうは@oneの番地10000個の他に@twoの番地10000個を作ってるから遅くなるのかなと。

それならば、
my @array = 0 .. 10_000;
sub op4 { my @one = @array; my @two = @array; }
sub op5 { my @one; @one = @array; my @two; @two = @array; }
のop4とop5がほぼ同じスピードってのも納得できそう。(4も5も番地の数は同じ。)

新しく配列作るより、使わなくなった配列を再利用したほうがスピード上がるってことかな〜と。
再利用したほうがメモリ効率も良さ気。