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右辺の numbers[i] ではなく、恐らく input[i] から出ている例外かと。

int i=0;
input = new int[i];

この時点で input[] の要素数はゼロになっているが
それ以降 input[] の要素数を増やしていない以上 input[] の要素数はゼロのままだ。

input = new int[i];

を

input = new int[numbers.length];

にしてみたら？