# 7.awk
NR >= 2{
if($0 ~ /^>'=+/){
if($0 ~ /~$/){
print "A";
}else{
print "NAA";
}
}else if($0 ~ /^>\^(Q=)+/){
if($0 ~ /~~$/){
print "B";
}else{
print "NAB";
}
}else{
print "NAC";
}
}

7.txt
3
>'======#======~
>^Q=Q=Q=Q=Q=Q=Q=Q=~~
>'===#====~
NAA
NBB
NAA　　　となる。何で？
A
B
A　　となってほしいのに・・・gawk 3.1.7です・・