手元では一つになるけどなぁ。原理はわかるだろうからあとはがんばれ。
行ごとにフィールドの添字についてループするのと連想配列で出現チェックがキモ。

% cat hoge.txt
a1 a1 a1 a2 a2 a3
b1 b1 b1 b1
c1
d1 d2 d2
% awk '{j=0;delete a;for(i=1;i<=NF;i++){if(!a[$i]++){$(++j)=$i}}NF=j;print}' hoge.txt
a1 a2 a3
b1
c1
d1 d2