ftpは全コマンドをファイルにしてそれを実行することができるが
そうでないなら、自分でソケット開いてftp操作すれば。
ソースだってあるし、そんなに面倒じゃない。

あとは、呼び出すコマンドが対応していれば、パイプでつなぐ手もあるけど