Java初心者ではありませんが、ム板初心者というとこで御容赦を。
どーもJ2EEのWebアプリのチューニングをやらされるらしいのだが、JMater関連の書籍とかありませんかね？
いちおー、今は無きJavaWorldの2005/12と2006/10、JavaPressのVol.43とWEB+DB PRESSのVol.34は抑えてありますが、これ一通り読んであとはドキュメント読んで手を動かすのが一番でしょうかね？

アプリケーションのアーキテクチャに関しては、大体ドコを弄ればいいかは検討ついてるんだけどね。ちゃんとベンチマークとって性能評価したことは無いんですよ(^^;