side-by-sideでぐぐれ。
ようするにWindows XPから複数バージョンのDLLをシステム内に
共存させることが出来るようになったのだが、
その際にどのバージョンのDLLを使用するか指定する、
もしくはDLLが自身のバージョンを表明するのがmanifestファイルの役目。
Vistaでもう少し役割ができたのかもしれないが、そこまでは俺も知らない