これは関係ないでしょ
　int x,y;
　int y,x;

ミスをしたんだな。

xは一般的にx軸のことであり横方向であり、
横1行の処理を終えたら次の行というのが多いパターンであり
配列のメモリ上の並び順は
　a[0][0]
　a[0][1]
　a[0][2]
　a[1][0]
　a[1][1]
　a[1][2]
だから
　a[ｙ][x]
というのが一般的だと思う。

だから（推測だけど）
入門書の説明しているときは、a[ｙ][x]にする予定だった。
でも実際にプログラムを作るときにミスしたんだよ。