WindowsキーやAlt+Tab等、いくつかの特定のものだけならRegisterHotKey()。
他のアプリのキー操作全てを横取りしたいならSetWindowsHookEx()（所謂グローバルフック）。
上記でもCtrl+Alt+Delはダメで、これはかなり面倒。

ぶっちゃけお勧めしない。どうしてもOSや他のアプリを抑えなければならないならしょうがないけど。