StretchRectの明確な仕様文書は見たことないけど、ピクセルシェーダを通さない処理に
ブレンディングは適用されないと思う。

ドローソフトってのがベクタ系ならともかくラスタ系だと、Direct3Dですぴーどあっぷ♪
てのは難しいと思うよ。そゆのにDirect3Dは向いてないもん。道具選びから間違ってる感じ。
やりたいことがよくわからないから、動的テクスチャを次善の策としてテキトーに提案してみる。