自己解決できました。
報告させていただきます。

D3DXCreateTextureFromFileInMemoryEx
の
Filter引数に
D3DX_FILTER_NONE　を指定していたからでした。
D3DX_FILTER_LINEAR　を指定することで想定どおりとなりました。

ただ、限界を超えていないときにも(2の累乗以外の画像を読み込むと)、確保したサイズに強制的にあわせるようです。
つまり、無駄に「一旦引き伸ばしてテクスチャとして持ち、その後縮小して表示」することになるのでアンチエイリアシングが行なわれてしまうようです。
ドット絵のようなものは、素直に2の累乗にしたり、小さめの画像D3DX_FILTER_NONE読み込みしたほうが良いと思われます。