自作のJavaソフトウェアを長時間使い続けていると、
メモリ使用量が増え続けていきます。

オブジェクトの参照を全て無くせば、
ガベージコレクトでメモリは解放されていくんですよね？
そういったメモリのことや、オブジェクトの参照がわかるツールはありませんでしょうか？