追記：
例えばクラス名がhoge.Piyoだとすると、
transformメソッドの中で、

URL url = loader.getResource(className.replace('.','/') + ".class");
とやれば、クラスをロードせずに、そのクラスのリアルな位置がわかる。

urlの中身はfile:///c:/xxx/yyy/WEB-INF/lib/hoge.jar!hoge/Piyo.class
とかになっているはず。（ごめん、URLは適当だけど。）
このときのyyyがコンテキスト名にならないかな？