もしサーバで計算するならPHPとCプログラム（常時起動）の組み合わせかな？
・PHPでリクエストを受けて入力ファイルを作成。
・Cプログラムでは入力ファイルの存在チェック。
・存在すれば読み込み、削除、計算、出力ファイルに書き出し。
・PHPで出力ファイルの存在チェック。
・存在すれば読み込み、削除、結果を返す。
こういうシステムは作ったことあるんですけど。