みんな、ありがとうございました。
やっぱり、プログラム事態おかしかったみたいです。部分、
　　　int i,j;
double dx,dy,r_ij,f_ij,fx[N],fy[N];
double x_new[N],y_new[N];
double t=0;
while(t<T_MAX){
t=t+dt;
と書いてあったのを
double t=0;
while(t<T_MAX){
t=t+dt;
int i,j;
double dx,dy,r_ij,f_ij,fx[N],fy[N];
double x_new[N],y_new[N];
と、ループの中で宣言したら書いたらオッケーでした。（でもなんでかわからん）