昔からそうだけど、MFCの吐き出す既定コードが手抜きだから。
LoadIconしたアイコンを大小両方に割り当てる所為で、
タイトルバーには16x16では無く、32x32のアイコンが縮小されて使われている。
両方描くのが面倒な時は、どちらか一方を削除しておくのが無難だな。