BOMついてるのはバイナリエディタで確認できる
でchrome.manifest BOMついてますね。

エディタの件だが, 自動判定はあまり信用しない方がよろしいかと,
特にファイルに含まれる文字数が少ない場合は失敗する確率が高い,
BOMついてないUTF-8は特に判定が難しい。

使用エディタ変える方がいいんじゃない, 秀丸エディタとかNotepad++とか