>>128
質問の仕方が悪かったですね。ごめんなさい。
ある研究で、巨大なファイルに10万程度の要素があって、その要素を繋げていくプログラムを作っています。
要素を繋げる為にいくつかの関数を用意してるのですが、関数を1000回程度呼び出した所でstack level too deep
になります。
が、こちらとしては正常な動作なので、もっと要素を繋いで行って欲しい。という訳なんです。

Linuxで動かしてみたら2000回程度呼び出したところでメモリ(2G)から溢れてスワップするようになったので、
仰るとおりプログラムを見直してみようと思います。
Windowsでは、stack level too deepを回避する手段は無さそうですね。