>>120
レスありがとうございます。
sh.systemをsystem()もしくは``で置き換えたところ、その症状は改善されました。
ただ、組み込み関数sytem()やバッククオート記法``を使用する場合、Pathはプログ
ラム開始時のカレントディレクトリからの相対パスしか受け付けてくれません。

例えば、
$PWD=top/にいるとき・・・

system("mkdir under/")
system("chdir under/")
system("program1")
system("gnuplot script1")

を行うとtop/under/にではなく、top/にファイル群ができてしまいます。
絶対パスを通せば何とかなりそうですが、後の都合上、相対パスが使いた
い所です。リファレンスなどを当たってみましたが、うまい方法が見付か
りません。カレントディレクトリを変更するのはsystem("chdir under/")
ではダメなのですかねぇ。バッククオートに関しては`cd under/`でエラー
が出てしまい、困っている所です。

度々、質問して申し訳ありません。system()を使った場合、カレントディ
レクトリを変更する方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、ご意見を頂
けると助かります。