// Rectangleするとこ
HDC hDC = GetDC(hWnd)
HCD hMemoryDC = CreateCompatibleDC(hDC);
HBITMAP hBitmap = CreateComatibleBitmap(hDC, 640, 480);
SelectObject(hMemoryDC, hBitmap);
DeleteObject(hBitmap);
SelectObject(hMemoryDC, GetStockObject(GRAY_BRUSH));
Rectangle(hMemoryDC, 0, 0, 640, 480);
ClearRect(hMemoryDC, 160, 120, 480, 360);// Rectangleで書いたところの一部を消したい

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WndProcでWM_PAINTのところ
case WM_PAINT:
　hDC = BeginPaint(hWnd, &ps);
　BitBlt(hDC, 0, 0, 640, 480, hMemoryDC, 0, 0, SRCCOPY);
　EndPaint(hWnd, &ps)

↑みたいな処理で、ClearRectに該当する処理を探しています