>>640
＞for(j = 1; j <= MTX; j++){//縦方向繰り返し
＞for(i = 1; i <= MTX; i++){//横方向の繰り返し
でのi，jが持つ値と
＞board[j-1][i-1] = r;//ボードに代入する
での配列の添え字との関係

＞r = rand()%(CMTX[MTX]-1)+1;
でrand()が返すだろう最小値，rが取る値と
＞useDigit[r-1] = 1;//使われた数値をチェックする
での配列の添え字との関係

・扱う値としては1〜としたいけど　…i,j,r等(r = rand() ...ではそのために"+1")
・配列の添え字は0〜だから"-1"
と読めるんではないでしょうか


＞＞＞if((j == MTX) && (i == MTX)){break;}
＞で、MTXとは3でしょうか、もしくは9でしょうか？
どのようにして3と思ってみたのか、もしくは9と思ってみたんでしょうか
思った"わけ"がある筈
(3か9か(或いは全く違うか)の答え(数字)を知るだけでなく、どう解釈した/或いは間違いに至った経緯は後々のためにも把握しておいた方がいいかも)

＞#define MTX 3
ではないですか?