ちょっと待て…解決（？）したかも知れません。

試しに思い切ってQuartzTypeLib.dllを参照する方法を止め、
[ComImport, Guid(...), ...] interface IGraphBuilder ... { ... }
と手動で定義する方法（DirectShowNetで採用してるもの）にしたら
ちゃんと動くようになりました。

typelibでラップする方法の不具合かな？　CE限定なのかは謎。
ちなみにその端末だとやっぱりIEnumFiltersは取得できても
Next()で未実装エラーが戻りました。とにかくCE要注意。