タイムスタンプの変更は問題ないです。EndTimeが0で来る場合もあるのでチェックして下さい。

> Transformメソッドをいじるだけくらい
CTransformFilter::Receive内でもDeliverしてるからな。その辺り大丈夫だよね？

文面から察するに
OutputPin::CurrentMediaTypeでメディアタイプ取得できるってことはピンが繋がっている状態なのだが
一旦Pin接続解除した後にフレームレート倍のメディアタイプを色変換に提示(OutputPin::GetMediaTypeで設定)して
再接続を試みてるんだよね？