アップデートを別プログラムにして必要なときに呼び出すようにするのがいいんじゃないのかな？
そうすればアップデート時だけダイアログが出る感じになるし。

もともとUACってProgram Filesを勝手に弄られることによるセキュリティの低下を防ぐのがコンセプトだから
ダイアログを出さないようにって言うのは出来ちゃいけないことだろうし。
随時データを書き換えるって言うのは出来なくなっちゃうだろうけど。

ちなみにUACではアップデートもちゃんと考えてるらしく、
プログラム名をupdate.exeにしたら権限変わった。
なので手動での差分当てレベルなら今まで通りでいいと思う。