#!/Perl\bin\perl
$CSfile="CSfile.csv";
$TXfile="TXfile.txt";
$outfile="outfile.txt";
open (INTEXT, $TXfile) or die "$!";
open (INCSV, $CSfile) or die "$!";
open (OUT, "> outfile.txt") or die "$!";
@lines = <INTEXT>;
$line_amount = @lines + 1; #行数計算
while (<INCSV>) {
chomp ($_);# 改行コードの除去
@data = split(/,/, $_);# 各行をカンマ区切りで分割
for($i=0;$i<$line_amount;$i++){
$lines[$i] =~ s/$data[0]/$data[1]/g;
}
}
print OUT @lines;
close(INTEXT);
close (INCSV);
close (OUT);

なんとなくできましたが、
速度が遅すぎる点と、結果が文字化けしている点がいかんともしがたい。
CSfile.csv＝４万行以上・TXfile.txt＝２万行程度（検索・置換は全て日本語です）
改善策をご指導ください。