再起動して気付いたのですが、mt.cgiを、コマンドライン上では、
環境変数LD_LIBRARY_PATHに/usr/local/mysql/lib/mysql/(mysqlのインストール先ディレクトリの、ライブラリがある場所)がないと
>>193さんのテストスクリプトも動かなくなります。
逆に、追加してあるとコマンドライン上でmt.cgiもエラーを吐かなくなります。
ブラウザ上では相変わらずなので、見に行くライブラリの指定が足りない状態でインストールされてる、ってことなんでしょうかね。。。