>>163
幾つか試してみたけれど、そのExit codeはhoge.plの中にエラーがある場合に帰ってきてるな。
hoge.plをもっと単純な内容に変えてやってみたらどうなる？

うちの環境(ActivePerl build 819 on Windows XP)では、
hoge.plを空のスクリプトや、標準入力の内容をそのまま表示するだけの内容にして
my $cmd = 'perl hoge.pl < in.txt';
my $ret = system $cmd;
でちゃんと動いてる