９８から持ってきたプロジェクトじゃなくて普通に新規でフォームから作ったアプリは動きますか？
動くようなら>>844の指摘が妥当だと思いますよ。
参照設定で無効になってるところはないか、同じ名前のものに２重にチェックが入ってるものはないかなど
調べてみてください。
うちの環境ではＸＰでＶＢ６の開発も運用もやっていてＭＳの保障は知らないけど問題なく動いています。