VB.NETにMSChartはついてこない。
VB6などMSChartを含んでるアプリが別途インストールされているならVB.NETから使える。

＞ツールボックスのカスタマイズのCOMコンポーネントタブに表示されるリストに 
＞見当たらなければ使えないんでしょうか？ 

その通りで、別途インストールされていれば表示される。
別途インストールしていないなら　「無いなら使えるわけなかろう。 」