JGraph使うのなら、標準の機能ではレイアウトできないことを覚悟しておかないと
後でハマるよ。
ここでいうレイアウト機能ってのは、適当にノード並べてエッジ引いた後で、
ボタン１クリックでノードやエッジの位置を設定し直してくれる機能。
俺の場合、SWTのdraw2dで提供されてるレイアウト機能だけ使って
強引に何とかしたけど。